Dalam sejarahnya kegiatan muktamar ini untuk pertama kalinya diadakan tahun 1974 oleh MISG (Malaysian Islamic Student Group) sebuah organisasi mahasiswa muslim Malaysia di North Amerika. Sejak itu muktamar diadakan setiap tahunnya dan tahun ini adalah penyelenggaraan muktamar yang ke-35. Dalam perjalanannya muktamar ini tidak hanya dihadiri oleh mahasiswa dari Malaysia saja akan tetapi beberapa mahasiswa Indonesia juga hadir dalam kegiatan tsb. Tercatat kurang lebih 10 mahasiswa Indonesia hadir sebagai peserta dalam muktamar tahun 1988 dan 1989.
Jumlah mahasiswa Indonesia yang hadir dalam kegiatan itu mengalami peningkatan sampai 25 orang pada muktamar tahun 1990, dan ketika itu untuk pertama kalinya diadakan pertemuan khusus antar mahasiswa Indonesia. Sejak saat itulah jumlah peserta Indonesia yang hadir semakin meningkat dari tahun ke tahun. Mahasiswa Indonesia tidak saja berperan aktif sebagai peserta muktamar, tapi juga ikut aktif di organisasi MISG. Bahkan diantaranya menjadi pengurus MISG.
Sejak itu, muktamar mulai menghadirkan pembicara dari Indonesia di acara muktamar. Tercatat beberapa pembicara dari Indonesia yang pernah hadir dalam muktamar adalah Ust. Ihsan Tanjung, Ust. Helmi, Ust. Taufik Ismail, Ust. Imadudin Abdurrahman,Ust. Joban dan lain-lain.
Pada saat yang sama tahun 90-an ISNET (Islamic Network) mulai berkembang, dan untuk pertama kalinya muktamar MISG – ISNET diadakan secara bersama-sama tahun 1994. Tahun 1997 tercatat kurang lebih 300 peserta hadir yang terdiri dari mahasiswa Indonesia dan Malaysia serta beberapa komunitas muslim yang saat itu tinggal di Amerika Utara. Hadir sebagai pembicara adalah Imam Siraj Wahaj (Malaysia) dan Prof. Dr. Mohd Amin Abdullah (Indonesia) yang membahas tema “Pelajar Muslim Pembangun Ummat”.
Reformasi tahun 1998 di Indonesia membangkitkan semangat mahasiswa Indonesia di Amerika Utara untuk ikut berperan serta. Mereka menyadari perlunya perbaikan moral bangsa sebagai unsur penting dalam reformasi. Beberapa di antara mereka adalah pengurus MISG saat itu. Mereka merasakan perlunya organisasi sebagai wadah untuk ikut melakukan pembinaan moral terhadap mahasiswa Indonesia di Amerika Utara. Dengan semangat dan tanggung jawab reformasi itulah, IMSA didirikan pada tahun 1998.
Muktamar diselenggarakan bersama oleh MISG dan IMSA sejak tahun 1999. Terakhir kalinya muktamar bersama MISG – IMSA ini diadakan pada tanggal 26-31 Desember 2008 bertempat di Houston,TX. Muktamar mengambil tema “Adapting Change to the Best Position Ourselves and Community” Muktamar tahun 2008 ini dihadiri oleh lebih dari 700 peserta meliputi para mahasiswa dan keluarga Muslim Indonesia dan Malaysia dari berbagai wilayah USA dan Kanada.
Demikianlah, muktamar bersama ini berlangsung dari tahun ke tahun dengan satu tema ke tema lainnya menghadirkan sejumlah pembicara yang pakar dibidangnya dengan berbagai paket acaranya yang khas. Kegiatan ini secara langsung telah memberikan andil bagi suburnya kegiatan da’wah Islam di Amerika Utara. Kegiatan ini juga mampu memberikan nuansa islami bagi mahasiswa Indonesia dan Malaysia serta komunitas muslim Indonesia yang berada di Amerika Utara. Menjadikan kegiatan ini sebagai agenda tahunan bagi mahasiwa dan komunitas muslim Indonesia di Amerika Utara adalah langkah yang tepat.
